Z początkiem 2017 r. zaczęły obowiązywać nowe regulacje dotyczące rejestracji podatników dla celów podatku od towarów i usług. Znowelizowane przepisy służyć mają realizacji założeń Ministerstwa Rozwoju i Finansów dotyczących uszczelniania systemu podatkowego. W praktyce przysparzają one kłopotów nie tylko nowopowstałym podmiotom.

Nowelizacją ustawy o podatku od towarów i usług ustawodawca wyposażył organy podatkowe w nowe uprawnienia. Ma to m.in. związek z podziałem dotychczasowego rejestru VAT na dwa „podrejestry” – rejestr VAT czynny i zwolniony. Po przeprowadzeniu weryfikacji (czynności sprawdzających) naczelnik urzędu skarbowego jest obecnie uprawniony do rejestracji podatnika jako „podatnika VAT czynnego” lub „podatnika VAT zwolnionego”. Może też w ogóle nie dokonać jego rejestracji bez konieczności zawiadomienia o tym przedsiębiorcy, jeżeli np. mimo udokumentowanych prób nie ma możliwości skontaktowania się z podatnikiem, podmiot nie istnieje lub podał w zgłoszeniu rejestracyjnym dane niezgodne z prawdą.

Z tych samych powodów przedsiębiorca może zostać wykreślony z rejestru. Wspomnieć jednak należy, że w tym przypadku katalog przewinień jest nieco szerszy i przewiduje także m.in. wykreślenie podmiotu zobowiązanego oraz nieskładającego deklaracji za kolejnych 6 miesięcy lub 2 kolejne kwartały, a także podatnika wystawiającego faktury niedokumentujących rzeczywistych zdarzeń gospodarczych (tzw. puste faktury). Co do zasady z urzędu wykreślani będą także przedsiębiorcy w rozumieniu ustawy o swobodzie działalności gospodarczej, którzy zawieszą wykonywanie działalności gospodarczej na okres co najmniej 6 kolejnych miesięcy.

Z podziałem rejestru Vat na „zwolniony” oraz „czynny” wiąże się uprawnienie fiskusa do „przeniesienia” podatnika VAT czynnego do rejestru dla podatników zwolnionych z VAT w razie wystąpienia w okresie 6 kolejnych miesięcy lub 2 kwartałów deklaracji, w których nie wykazano sprzedaży lub nabycia towarów lub usług z kwotami podatku do odliczenia.

Sankcje dosięgnąć mogą również pełnomocnika dokonującego zgłoszenia rejestracyjnego, odpowiada on wówczas solidarnie wraz z zarejestrowanym podatnikiem do kwoty 500 000 zł za jego zaległości podatkowe powstałe w ciągu 6 miesięcy od dnia zarejestrowania przedsiębiorcy jako podatnika VAT czynnego.

W praktyce wykreślenie podatników z rejestru VAT powinno odbywać się po przeprowadzeniu czynności sprawdzających oraz wezwaniu do złożeniu wyjaśnień. Na podatniku spoczywa ciężar udowodnienia, że jego działalność jest faktycznie prowadzona, brak składanych deklaracji wynika ze specyfiki prowadzonej działalności lub wystawienie tzw. „pustej” faktury lub faktury korygującej było wynikiem pomyłki lub nastąpiło bez wiedzy podatnika. Dopiero powyższe postępowanie zapewnia podatnikowi ochronę przed wykreśleniem.

Nowe regulacje co do zasady dotyczą zgłoszeń złożonych od 1 stycznia 2017 r., jednakże lwia część sankcji znajdzie zastosowanie również to zgłoszeń wcześniejszych.
Nowych regulacji nie należy lekceważyć, podatnikiem VAT zostaje z mocy ustawy każdy podmiot wykonujący czynności opodatkowane VAT. Samo wykreślenie z rejestru uniemożliwia podatnikowi odliczenie podatku naliczonego.